Спустя годы после окончания первого фильма, маленькие друзья остаются верны друг другу. Но однажды жизнь ставит перед ними новые задачи. Крокодил Гена отправляется в путешествие, чтобы посетить выставку редких животных в Сочи. Вместе с ним отправятся Чебурашка, Шапокляк и её верный помощник крысенок Лариса.

Однако путешествие становится опасным, когда злые силы пытаются помешать героям. Оказывается, группа мошенников хочет похитить редкое животное — маленького чудаковатого зверька Бубурушку, родственника Чебурашки. Именно его друзья собираются показать на выставке.

Чтобы спасти своего друга и остановить злоумышленников, Чебурашке придется проявить всю свою смелость и изобретательность. Путешествие приведет героев в самые необычные места России, от живописных лесов Подмосковья до заснеженных гор Кавказа.